出版檔案的管理是由出版社管理工作重要的組成部分。深圳印刷廠當一種圖書印制完成后，責任編輯應將該書的原稿一并裝袋交檔案管理人員。檔案管理人員應登記并清點原稿是否齊全，然后按一定的順序編號存放。如果有人借用或退回作者，應由當事人簽字。如果圖稿是照
相膠片，應單獨存放。

2.版本樣書的管理
凡本社的出版物，都應存留樣本并妥善保管。每種樣本的存留數量不應少于兩本。樣本的存檔應包括：一本書的各版次、印次以及不同開本、不同的裝訂形式的樣本。對于在重印或再由作者或責任編輯修改過的
樣書，更應妥善保管。樣本的管理存放，可以一種書為單位進行編號，不同的印次和版次的樣書，應在該書總編號之下再設分編號。重印書的校正本應十分注意保管，這是因為其中有作者或責任編輯的修正記錄，它不但用作修改膠片的依據，而且對版本記錄頁也有相應的改動，這種樣本在印制完成后應交檔案管理人員妥善保管，以備以后查用。

3.電子文件管理
電子文件是出版社代替紙型、照排膠片后的一項重要資產。保管好電子文件在書籍重印時可免去排版費用，深圳印刷廠也可省去了幾次校對，使重印書的成本大幅度降低，有利于出版社的經濟。保存電子文件會比保存照排膠片更節省保存的空間，查找起來也更方便，而且在需要重印的時候重新出片可以保證印刷的質量。因此是目前出版社存檔的主要方式。由于以前保存文件多采用磁盤保存，現在多彩用光盤保存，要注意今后因計算機硬件發展而產生的舊的存儲模式淘汰而使保存的電子文件無法讀取的情況。

保存電子文件可以包括作者提交的文字和圖片的電子文件，編輯后的文件和排版后提交照排機出膠片的文件。由于提版軟件的升級速度很快，因此有可能現在保存的排版文件到時候可能會出現不兼容的情況 。而保存PDF格式的文件，雖然在今后重印時可以直接來出片印刷，但由于PDF格式的文件改版有困難，因此同時保存排版前的原文件會有一定好處。